Marseille

Bouna Sarr ký hợp đồng với câu lạc bộ Marseille ngày 7 tháng 7 năm 2015.[3]

Ngày 3 tháng 5 năm 2018, anh chơi ở trận bán kết Europa League gặp FC Red Bull Salzburg khi đội bóng anh thua 1-2 trên sân khách nhưng giành chiến thắng chung cuộc 3–2 để đảm bảo một suất vào chung kết Europa League 2018[4] thi đấu gặp Atlético Madrid tại Parc Olympique Lyonnais, Décines-Charpieu, Lyon, Pháp vào ngày 16 tháng 5 năm 2018.[5]

Bayern Munich

Ngày 5 tháng 10 năm 2020, Bouna Sarr ký hợp đồng với câu lạc bộ Bayern Munich ở Bundesliga theo bản hợp đồng có thời hạn 4 năm.[6] Sarr có trận ra mắt Bayern Munich ở vòng đầu tiên của DFB-Pokal vào ngày 15 tháng 10 và cung cấp hai đường kiến ​​tạo cho tân binh Eric Maxim Choupo-Moting khi đội bóng anh đánh bại 1. FC Düren với tỷ số 3–0.[7] Ngày 25 tháng 8 năm 2021, anh ghi bàn thắng đầu tiên cho Bayern Munich trong cùng một giải đấu, ở vòng đầu tiên của mùa giải tiếp theo, trong trận đấu với tỉ số 12–0 trước Bremer SV.[8][9]